После занятия испанцами Куско в 1533 г. удаленные от него провинции империи, как уже говорилось, еще лет двадцать пытались жить по старым обычаям. Власть оставалась в руках курака, выступавших в двуединой роли законных администраторов еще формально существующего государства Тауантинсуйю и наследников прежних местных династий. В некоторых областях больше подчеркивалось сохранение инкских порядков, в других - разрыв с культурой Куско. Обитатели долины Ика, например, увидели в испанцах избавителей от инкского владычества. Сведения об этом, содержащиеся в письменных источниках, подтверждают в данном случае и археологи, отметившие возрождение в Ике доинкского стиля в гончарном искусстве. Продолжала на провинциальном уровне функционировать хозяйственная система Тауантинсуйю. Уанка по крайней мере все еще свозили продукцию на построенные при инках склады.
В раннеколониальное время сказались этноязыковые последствия столетнею правления Куско. Начавшая формироваться в Тауантинсуйю новая общность поглощала мелкие этносы. И без того сложная этноязыковая карта оказалась к приходу испанцев испещрена бесчисленными вкраплениями переселенцев-митмак. В этих условиях кусканско-аякучанская разновидность языка кечуа стала естественным средством общения как между самими индейскими общинами, так и между индейцами и европейцами, в первую очередь - священнослужителями. Пукина, мучик, кульи исчезали. Сохранили, да и то не везде, свои позиции лишь язык аймара и диалекты кечуа В/I.
Поколение индейцев, выросшее в период гражданских войн и знавшее теперь лишь от родителей о жизни в Тауантинсуйю, стало идеализировать уже не существующую империю инков. Характерные для нее социальные и этнические противоречия забывались. Зато все помнили о царивших в ту пору порядке, справедливости и благополучии. После того как надежды провинциальной знати сохранить при испанцах фактическую независимость не оправдались, значительно возрос престиж инкской культуры и за пределами области Куско. Есть данные в пользу того, что на 1565 г. приходилось, по представлениям инков, завершение крупного, видимо, тысячелетнего временного цикла. В канун его индейцы стали ждать конца света, предшествующего наступлению новых счастливых времен. Именно тогда в Андах и вспыхнуло первое движение милленаристского типа - таки онкой. (Handbook, 1946. P. 406—407; Zuidema, 1965.) Оно охватило территорию от центрального Перу до горной Боливии, т. е. районы, испытавшие на себе наиболее мощное воздействие культурных и социальных институтов Тауантинсуйю.
К таки онкой примкнули как общинники, так и городские индейцы - янакона. Участники движения верили, что уничтоженные испанцами уака возродились или возродятся в ближайшем будущем, чтобы составить две армии: одна будет состоять из тех, кто связан с Пачакамаком, другая - из уака, почитавшихся на юге горной области. Обе армии соединятся во время решающей битвы с христианским богом и отомстят за свое поражение в годы конкисты. Бог будет уничтожен, а вместе с ним и испанцы. Чтобы обеспечить эту победу, уака посеяли червей, которые пожрут сердца европейцев, их лошадей и быков, а также принявших христианство индейцев. Те, кто хочет спастись, должны отказаться от крещения, от испанских обычаев и европейских орудий. Если раньше уака бывали воплощены в идолах и фетишах, то теперь они вселяются в верных последователей нового культа. Признаком такого вселения служит экстатическое состояние, в которое впадает новообращенный - отсюда и название движения, означающее что-то вроде «Плясучий недуг».
Движение таки онкой было связано с «Новоинкским царством» в Вилькабамбе и разгромлено вместе с ним вооруженной рукой в 1572 г. Открытое и массовое сопротивление принятию христианства на этом прекратилось, однако католичество отнюдь не вытеснило основ древнего мировоззрения в индейской среде. Слияния коренного населения и колонистов в один народ не произошло.
Вплоть до конца XVIII века в Андах еще оставались возможности ведения политической борьбы за возрождение индейской государственности и цивилизации. Потомки столичной и провинциальной знати Тауантинсуйю сохранили часть своих привилегий и в случае необходимости были способны воссоздать альтернативные испанским органы управления. Заимствуя некоторые европейские элементы, культура инков продолжала развиваться. О ее высоком уровне более всего свидетельствуют великолепные росписи на деревянных кубках-керо, а также «Апу-Ольянтай», появившаяся в колониальный период и разыгрываемая в европейской манере драма на сюжет из инкской истории.
Однако предпринятая в 1780 г. попытка достижения независимости закончилась трагически. Восстание на его главном этапе возглавил Хосе Габриэль Кондорканки, принявший царское имя Тупак Амару II и действительно бывший прямым потомком казненного в 1572 г. Тупака Амару I, а следовательно, и всех предшествующих инкских императоров. Габриэль Кондорканки не обладал ни опытом, ни способностями военного вождя, да и не имел возможности руководить весьма разрозненными выступлениями. Борьба за восстановление Тауантинсуйю вскоре вылилась в бессмысленное уничтожение всех, в ком была неиндейская кровь. Это оттолкнуло от движения метисов и во многом способствовало поражению восстания. Отныне инкская культура, к которой раньше испанские колониальные власти в Лиме относились терпимо, стала систематически подавляться. Были конфискованы портреты Инков (в каком-то смысле заменившие собой древние мумии) и ритуальные трубы из морских раковин, запрещено ношение соответствующей одежды, большинство индейских аристократов в Куско выслано в Испанию или убито. Индейская элита в провинциях также потеряла свой статус, ассимиляция аборигенов усилилась.