Последний период доиспанскои истории характеризуется процессом разложения в экономической, политической и культурной сферах. Падение Чичен-Ицы означало конец интенсивной торговли, организованной путунами и ица, торговли, которая на протяжении нескольких веков поддерживала связи между народами высокогорий, побережья Мексиканского залива и Центральной Америки. Начиная с этого момента политическая и экономическая гегемония перешла к Майяпану, торговые интересы которого были связаны, по-видимому, с восточным побережьем полуострова Юкатан.
После XIII в. социально-экономическая структура майя дала глубокие трещины. Землевладение в значительной мере изменилось, и многие общинные земли стали собственностью производителей какао, хлопка, хенекена и других важных культур. Земли в свое пользование получали также торговцы и воины. В отношениях между прежними государствами все чаще стали возникать пограничные конфликты. Войны ускорили распад жизненного уклада майя, что выразилось в упадке культуры, особенно архитектуры, скульптуры, живописи и керамики.
Этот процесс завершился новым народным восстанием в 1441 г., о котором говорится в исторических источниках. Оно привело к падению Майяпана и уничтожению правящей семьи Кокомов.
В последующие десятилетия экономический и культурный уровень сильно упал. Кроме того, болезни, эпидемии и ураганы, как говорят хроники, сделали условия жизни еще более тяжелыми.
Когда с Кубы пришли испанские галеоны под командованием Эрнандеса де Кордобы, а затем Хуана де Грихальвы и Эрнана Кортеса, они застали цивилизацию майя в агонии. После падения Теночтитлана конкистадоры завоевали земли майя. Для народа майя началась новая эра угнетения и страданий.