По приказу Дария были сожжены города и святилища всех восставших ионян, за исключением самосцев. После взятия Милета персы сразу же захватили Карию, причем часть городов подчинилась им добровольно, а другие по принуждению. Так обстояли дела, когда Гистией получил известие о событиях в Милете. В это время он находился у Византия и захватывал ионийские корабли, доставлявшие эллинам хлеб с Понта, он надеялся, что оказавшиеся в блокаде примкнут к восставшим.
Мужчина на кресте
Гистией не ожидал столь страшного конца. Подавленный, он поручил дела на Геллеспонте Бисальту, а сам на лесбосских кораблях отправился на Хиос. Но стража отказалась допустить его в город, тогда Гистией напал на хиосцев и одолел их.
С Хиоса он выступил в поход на Фасос с большим отрядом ионян и эолийцев. Во время осады Фасоса пришла весть, что финикийский флот идет из Милета против остальных ионийских кораблей. Узнав об этом, тиран снял осаду Фасоса и поспешил со своим кораблем на Лесбос. Здесь не было хлеба для его воинов, чтобы добыть его, Гистиею пришлось переправиться на материк в Мисийскую область. В этих местах тогда как раз находился с большим войском персидский военачальник Гарпаг. Он настиг эллинов в Малене. Долгое время оба войска сражались с равным успехом. Вдруг персидская конница устремилась на противника. Эллины обратились в бегство, а Гистией в надежде на милость Дария, малодушно пытаясь спасти свою жизнь, поступил так: когда один из персов настиг его на бегу и уже готовился прикончить, заговорил с ним на персидском языке и назвался.
Если бы пленника привели к царю, возможно, он остался бы жив. По этой причине, а также опасаясь, как бы тиран, избежав наказания, вновь не стал влиятельным лицом при дворе Дария, Артафрен, правитель Сард, и Гарпаг, захвативший его в плен, решили казнить его в Сардах. И вот тело Гистиея распяли на кресте, а голову, набальзамировав, отослали в Сузы к царю. Узнав обо всем, Дарий выразил неудовольствие и повелел обмыть, обрядить и предать достойному погребению голову Гистиея, считая, что тиран оказал ему и персам великие услуги. Таков был конец Гистиея.