Дарий отдал Гистиею из Милета местность Миркин в земле эдонян, на которой тот начал возведение города. Мегабаз, прослышав об этом, предупредил царя:
— Нельзя этому дошлому и хитрому эллину разрешать распоряжаться в земле фракийцев: там прекрасные корабельные леса, а также серебряные рудники. В окрестностях живет много эллинов и варваров, которые обретут в его лице своего вождя.
Корабль около берега
Дарий, осознав правоту Мегабаза, решил отозвать Гистиея из Фракии и пригласил его к себе.
— Я убежден, что высшее благо на земле — это мудрый и верный друг, которого я обрел в тебе. Иди в Сузы и разделяй со мной трапезу и владей всем моим имуществом, — так Дарий убеждал Гистиея явиться к нему.
Легковерный Гистией внял просьбе персидского царя, приехал в Сузы и оказался в полной изоляции: Дарий не отпускал его от себя ни на шаг. Неволя истомила деятельного Гистиея, днем и ночью он думал о том, как вырваться на свободу, и понял, что спастись сможет, если только эллины поднимут восстание и освободятся от персидского владычества.
И невольник отправил вестника к своему двоюродному брату Аристагору, который правил Милетом вместо него. Все дороги из Суз охранялись, поэтому отсылать письмо, призывающее к восстанию, было очень опасно. Зная это, Гистией поступил следующим образом: велел обрить голову своему верному слуге, вытатуировал на голове послание и, когда волосы отросли, отослал его в Милет с поручением: прибыв к Аристагору, просить обрить голову и прочитать послание.
Поссорившись с персидским военачальником Мегабатом, Аристагор оказался в затруднительном положении и сам помышлял о восстании, так что вестник от Гистиея прибыл как раз вовремя. И вот Аристагор собрал всех своих приверженцев на совет, изложил им свой замысел и рассказал о предложении Гистиея. Присутствующие согласились с ним. Решено было восстать против персов. Только логограф Гекатей не советовал начинать войну с персидской державой. Он перечислил все народности, подвластные Дарию, и напомнил о могуществе персов. Однако ему не удалось убедить совет отказаться от войны с Дарием. Тогда он предложил добиться господства хотя бы на море. Не вняв и этому совету, милетяне стали готовить восстание.
Для начала решено было захватить военачальников, находящихся на службе у персов. С этим поручением успешно справился Иатрагор. Очень скоро в его власти оказались многие из них. После этого Аристагор повел открытую борьбу против Дария, пустив в ход все возможные средства. Он упразднил тиранию в Милете и заменил ее демократией, чтобы жители города добровольно примкнули к восстанию. Затем Аристагор сделал то же самое и в остальной Ионии: одних тиранов изгнал, других выдал горожанам. Устранив тиранов, Аристагор предоставил каждому городу выбирать военачальников, а сам отплыл на триере в Лаке демон: ему необходим был могущественный союзник.