Фёдор Ушаков родился в селе Бурнаково (ныне Тутаевский район Ярославской области), в небогатой дворянской семье: отцом его был Фёдор Игнатьевич Ушаков (1710 — 1781), сержант в отставке, а дядею старец Феодор Санаксарский. Окончил Морской кадетский корпус (1766), служил на Балтийском флоте. С 1769 года в Донской (Азовской) флотилии, участвовал в русско-турецкой войне 1768—1774 годов
С 1775 года командовал фрегатом. В 1780 году назначен командиром императорской яхты, но вскоре отказался от придворной карьеры. В 1780-82 командир линейного корабля «Виктор», который охранял в Средиземном море русские торговые суда от пиратских действий английского флота.
С 1783 года на Черноморском флоте, наблюдал за постройкой кораблей в Херсоне, участвовал в строительстве главной базы в Севастополе. В начале русско-турецкой войны 1787—91 годов — командир линейного корабля «Святой Павел». В бою у острова Фидониси (1788), командуя авангардом эскадры, нанёс поражение превосходящим силам турок. В 1789 году произведён в контр-адмиралы. Командуя с 1790 года Черноморским флотом, одержал блестящие победы над турецким флотом в Керченском морском сражении 1790 года, у острова Тендра (1790) и у мыса Калиакрия (1791), прибегнув к созданной им новой манёвренной тактике, принципиально отличавшейся от принятой в то время линейной тактики.
Основные черты тактики Ушакова — применение единых походно-боевых порядков, решительное сближение с противником на короткую дистанцию без перестроения боевого порядка, сосредоточение основных усилий против флагманских кораблей противника, выделение резерва («эскадры кайзер-флага»), сочетание прицельного артиллерийского огня и маневра, преследование противника до полного его уничтожения или взятия в плен. Придавая большое значение морской и огневой выучке личного состава, Ушаков был сторонником суворовских принципов воспитания подчинённых. В 1793 году произведён в вице-адмиралы.
Во время Средиземноморского похода Ушаков 1798—1800 проявил себя как крупный флотоводец, искусный политик и дипломат при создании греческой Республики Семи Островов под протекторатом России и Турции. Показал образцы организации взаимодействия армии и флота при овладении Ионическими островами и особенно островом Корфу (Керкира), при освобождении от французов Италии, во время блокады Анконы и Генуи, при овладении Неаполем и Римом. В 1799 году произведён в адмиралы. В 1800 эскадра Ушакова вернулась в Севастополь. Заслуги Ушакова не были оценены Александром I, который назначил его на второстепенную должность главного командира Балтийского гребного флота и начальником флотских команд в Петербурге, а в 1807 году уволил в отставку.
Во время Отечественной войны 1812 года Ушаков был избран начальником ополчения Тамбовской губернии, но из-за болезни отказался от должности. Флотоводец умер 2 октября 1817 года в своём имении в деревне Алексеевка в Мордовии.
Федор Ушаков был причислен к лику святых Русской Православной церкви в августе 2001 года.
В 2007 году в России проводится "Ушаковский славянский ход" под андреевским флагом. Акция приурочена к 70-летию Мурманской области и 10-летию Ассоциации шефства над кораблями и частями Северного флота
В течение месяца его участники посетят 18 городов России, шефствующих над кораблями и частями Северного флота. Крестный ход выполнит миссию по перенесению из Сарнаксарского монастыря Республики Мордовия в мурманский собор Спаса-на-Водах частицу мощей святого праведного воина Феодора Ушакова, небесного покровителя российских моряков.
Однавременно в греческой Керкире начинаются торжества, посвященные памяти великого русского адмирала Федора Ушакова, эскадра которого в 1799 году выбила с греческого острова войска Наполеона. В бухте Керкиры встанет на якорь большой десантный корабль Черноморского флота РФ «Цезарь Кунников», совершающий поход из Севастополя в Средиземное море. В течение нескольких дней корабль будет открыт для посещения всех желающих. Корабль уже успешно преодолел проливы Босфор и Дарданеллы и взял курс на греческий остров.