Ранний колониальный период: 1532 - 1572 гг. н.э.

Писарро со своей бандой авантюристов подошел к Куско в 1533 году и был просто поражен невиданной красотой этого города. Испанцы посадили на трон единоутробного брата Атауальпы Манко Инку, чтобы управлять через него инкской империей.

Однако Манко Инка не стал марионеткой в руках завоевателей и вскоре возглавил народный бунт. В конечном итоге его вынудили бежать из Куско, где теперь правил сам Писарро до тех пор, пока не был убит в 1541 году сторонниками его главного соперника. Через год в Лиму прибыл вице-король, чтобы управлять Андскими территориями как испанскими провинциями.

В 1545 году испанцы захватили Манко Инку, который все еще являлся императором для нескольких тысяч инков, которые вместе с ним укрылись в густых джунглях, где построили город Вилькабамбу. Манко Инку убили. Его сын Тупак Амару, последний император инков, пытался оказать сопротивление испанцам, но оно было сломлено, когда в 1572 году испанцы захватили его основную базу в Вилькабамбе.