Четвертый социально-экономический сектор инкской империи - храмовый. Храмы играли огромную и все более разветвленную роль в хозяйственно-политической структуре государства, являя собой реальную альтернативу царской власти. Наиболее мощным организмом такого рода был храм Пачакамака на центральном побережье. Уже на начальном этапе инкской экспансии его влияние было столь велико, что могло, как уже говорилось, даже отразиться на выборе государственного языка Тауантинсуйю. Союз инков с ичма (как назывался народ, на чьей территории находился Пачакамак) укрепился в период борьбы с царством Чимор и оставался нерушимым до самого прихода испанцев.
Подобно жрецам Дельфийского оракула, свое влияние на политические дела жрецы Пачакамака и других перуанских храмов практически осуществляли через пророчества и их толкования, которые необходимо было получать и правителям, и частным лицам, если те намеревались приступить к какому-либо важному предприятию. Включение новых территорий в сферу прямого воздействия храмового центра происходило путем основания дочерних оракулов. Их жрецы вещали от имени сверхъестественных персонажей, считавшихся родственниками верховного божества. Так, известны храм жены Пачакамака и храмы четырех его сыновей, а также святилища сыновей божества Катекиль, чей храм располагался в горной области Уамачуко (La frontera del estado inca, 1988. P. 119; Recent studies in Andean prehistory and protohistory, 1984. P. 159—175.). Основанные вокруг храмов хозяйства посылали часть своих доходов в центр, а часть - оставляли себе. Судя по археологическим данным, становление сети дочерних святилищ происходило независимо от деятельности инкской администрации и даже охватывало территории, инкам не подчинявшиеся. Известно, например, о деятельности пачакамакских жрецов на побережье Эквадора. В то же время некоторые храмы были основаны Пачакамаком в середине XV века как раз на тех землях, которые инки готовились захватить. Это могло быть попыткой закрепить за собой возможно более обширную сферу влияния, но могло и отражать координацию усилий Пачакамака и Куско по установлению общей гегемонии.
Помимо Пачакамака, особенно крупные храмовые хозяйства существовали в области Куско и на Боливийском плоскогорье. Их активно поддерживал Пачакути, тогда как интересы Тупака Юпанки были сосредоточены на побережье. Временами у отдельных храмов возникал с царской властью острый конфликт. Так, жрецы упоминавшегося божества Катекиль на севере Перу пытались через пророчества определенного рода вмешаться в борьбу претендентов на власть в государстве. В результате храм Катекиль был сожжен, хотя хронисты расходятся во мнениях, было ли это сделано по приказу Атауальпы (что вероятнее) или Уаскара.
Точное определение размеров храмовой собственности в древнем Перу - работа будущего, требующая изучения большого количества документов. Не исключено, что храмовый сектор в экономике соперничал с государственным и превосходил по значению корпоративный. Источники упоминают, например, миллион лам, принадлежавших «солнцу», т. е. в данном случае, скорее всего, храмам солнца (Murra, 1978. P. 102.).«Солнцу», как уже говорилось, шел, по утверждению хроник, и урожай с третьей части земель.