После южного похода Тупака Юпанки империя достигла своих естественных границ. Были объединены под одной властью народы, жившие на плоскогорье, в горных долинах и в оазисах Тихоокеанского побережья. Начиная с Пачакути и кончая его внуком Уайна Капаком (царствовал с 1493 по 1525 г.), инкские правители пытались раздвинуть рубежи своего государства также и на восток. В северном Перу Уайна Капак сосредоточил всю военную мощь государства на покорении обитателей Восточной Кордильеры индейцев чачапоя. Эта победа вряд ли стоила затраченных усилий и стала возможна лишь потому, что инки действовали хотя и в лесистой, но все же в горной местности с умеренным климатом. Если какие-нибудь отряды и проникали в жаркую и влажную Амазонию, они гибли там или возвращались ни с чем. У современных индейцев восточного Перу, говорящих на языках группы пано, память об «Инке» до сих пор сохранилась в мифах. Этот «Инка» - жадный и злой людоед, у которого хитроумные первопредки племени похищают огонь, воду и прочие ценности.
Восточная граница была единственной, которая нуждалась в постоянной защите. Особенно сложным было положение в Боливии. Здесь с конца XV века племена гуарани достигли, продвигаясь на запад, подножья Анд. Эти воинственные индейцы стали совершать глубокие рейды и в горы. Обороняясь, инки возвели серию крепостей и соединили их тянущейся по гребням гор каменной стеной протяженностью почти 200 км. Подобная система укреплений не была новшеством: стены в Центральных Андах и раньше возводили не по периметру поселений, а на границах оазиса или долины. Подобные сооружения не отличались мощностью, имея скорее символическое значение. Инкская стена также была ниже роста человека и годилась лишь для отражения противника, не знакомого с искусством правильной осады. В Перу на обращенных к востоку склонах Анд инкские крепости не обнаружены, но они известны в северо-западной Аргентине, где завоеватели из Куско столкнулись с воинственными племенами диагита.