Постепенно накапливались знания и в области медицины и ветеринарии. Уже в эпоху Хаммурапи вавилонская медицина делилась на отдельные отрасли — хирургию, лечение глазных болезней и т. д. Анатомия была очень слабо развита; врачи при определении симптомов и при диагнозах выделяли лишь главные органы, например, сердце, печень, почки. Однако необходимость постановки диагноза при помощи установления ряда симптомов была не только полностью осознана, но и вызвала первые попытки объективного изучения болезней и реальной борьбы с ними. Так, вавилонские жрецы считали, что болезнь «не может быть успокоена повязками и жало смерти не может быть вырвано... если врач не узнает её существа». Медицинские тексты, относящиеся главным образом к позднему времени, содержат описания симптомов различных болезней желудочно-кишечного тракта, органов дыхания (насморк, выделение мокроты, кровотечение из носа), ревматизма (ломота в членах). Часто описываются симптомы лихорадочного состояния: жар, холод, озноб, холодный пот; образно описываются симптомы «удара», приведшего к параличу: «... губы поражённого сведены, глаз закрывается... рот скован и он не может говорить». Вавилонские врачи пытались лечить и другие болезни: болезни глаз, ушей, опухоли, накожные болезни (проказа), болезни сердца, почек, водянку, мочеполовые и женские болезни, даже нервные, возможно душевные болезни, симптомом которых является «упадок духа вследствие несчастия». Иногда в лечебниках упоминаются обмороки, когда человек «падает без сознания» и «его глаза темнеют». Ярко описывается, особая болезнь «височной жилы», возможно связанная с приливом крови к голове, отчасти к глазам, и с помутнением зрения. Важнейшие симптомы этой болезни заключаются в том, что «у человека схватывает висок, в yшах у него шум, его глаза мерцают, его затылок его снедает... его сердце возбуждено и в ногах у него слабость». В сохранившихся медицинских текстах можно обнаружить некоторую, впрочем, очень часто непоследовательную, систематизацию. Так, например, описания болезней органов дыхания объединены одним заглавием или, вернее, вступительными словами: «Когда (дыхание) его рта затруднено». Так же объединены в особые разделы описания болезней печени и жёлчного пузыря, наконец, выделены в особый трактат болезни «большой жилы», похожие по своим описаниям на ревматизм или подагру. Для лечения всех этих болезней применялись самые различные средства, среди которых на первом месте стояли разнообразнейшие, порой очень сложные лекарства. Помимо лекарств применялись притирания, компрессы, массаж и промывания. На широкое применение в медицине воды и масла указывает то, что слово «врач» в буквальном переводе означало «знающий воду» или «знающий масло». Отчасти это также связано с широким применением в религиозно-магическом культе воды и масла.