Чаще всего представители естественных наук как в странах, где в большей или меньшей степени сохранялось еще господство феодально-абсолютистского строя, так и в странах, переживших буржуазные революции, стремились избегать конфликтов с традиционными религиозными представлениями. Нередко естествоиспытатели облекали свои стихийно-материалистические выводы в религиозно-идеалистическую или схоластическую фразеологию, и только некоторые из них открыто заявляли о своем атеизме. Так, знаменитый французский астроном Пьер Симон Лаплас дал полный достоинства ответ Наполеону I на вопрос о бытии божием: «Государь, я не нуждался в такой гипотезе».
Официальная наука не решалась посягнуть и на исключительное положение человека как «носителя бессмертной души» — этой «частицы божества» — в мире живых существ. Например, Ж. Б. Ламарк, сформировавшийся как мыслитель в эпоху Французской революции, не счел возможным допустить единство происхождения человека и высших млекопитающих.
Даже в науках, казалось бы, далеких от религиозно-философских проблем, новые, передовые идеи постоянно наталкивались на сопротивление консерваторов. Когда один из поборников молекулярно-атомистической теории, французский химик III. Ф. Жерар собирался представить свои выводы Парижской академии, Ю. Либих предостерегал его: «Академия издавна признает только за собою право устанавливать законы науки; ... молодой человек, желающий заставить или заставляющий старых господ преподавать по его указаниям, не должен более рассчитывать даже на самый ничтожный успех».
Тем не менее новое в науке, в пользу которого действовал объективный ход развития общества, одерживало одну победу за другой. Для решения технико-экономических задач, которые ставились промышленностью, транспортом и сельским хозяйством, требовался новый подход к явлениям природы. Чтобы успешно воздействовать на природу, нужно было вскрыть и проверить опытным путем взаимосвязь и взаимодействие между формами движения, разнообразными химическими веществами, отдельными видами животных и растений.
Развитие торговли и международных сношений, исследование и освоение новых географических районов ввели в научный оборот множество новых фактических сведений. Они позволили восполнить ранее существовавшие пробелы в картине природы, включить те «недостающие звенья», которые подтверждали наличие всесторонних связей природных явлений во времени и пространстве. Практика горных работ проводившихся нередко на значительных глубинах, обогащала новым фактическим материалом геологию и палеонтологию. Важную роль в подкреплении фактическими данными передовых взглядов естествоиспытателей играла и деятельность селекционеров. — растениеводов и животноводов.