Вся полнота военной и гражданской власти в среднеазиатских владениях России была сосредоточена в руках генерал-губернатора. Назначенный на этот пост генерал Кауфман с 1867 по 1881 г. являлся полномочным представителем царской власти. Созданная им колониальная система управления осуществляла полный контроль над жизнью коренного населения, которое продолжало оставаться, как и при ханской власти, в приниженном положении.
В Средней Азии была создана исключительно удобная обстановка для деятельности русских капиталистов. Сбыт русских товаров на среднеазиатских рынках резко увеличился; количество фабрично-заводских изделий, привозившихся из внутренних промышленных губерний, быстро возрастало. Не выдерживая с ними конкуренции, многие отрасли местного ремесленного производства приходили в упадок. Усиленное насаждение улучшенных сортов хлопчатника вскоре привело к обеспечению хлопчатобумажной промышленности России в значительной степени среднеазиатским хлопком. Вместе с тем в Средней Азии стали заметно сокращаться посевы продовольственных культур, и вскоре она начала нуждаться в привозном хлебе.
Несмотря на колонизаторскую политику царизма, включение Средней Азии в состав России оказало положительное влияние на исторические судьбы узбеков, туркмен, таджиков, киргизов, каракалпаков и других народов и имело объективно прогрессивные последствия. Эти народы были ограждены от непрерывных феодальных войн. Создались условия для более быстрого социально-экономического развития, для роста новых производительных сил и вызревания капиталистических отношений в недрах феодального строя.
Но самое важное значение имело установление тесных связей народов Средней Азии с русским народом и с другими народами России. Оно исторически подготовило и сделало в будущем возможной совместную революционную борьбу против царизма, ханов и беков, русских и «своих» помещиков и капиталистов за социальное и национальное освобождение. От переселившихся из России ремесленников и крестьян местное население перенимало более совершенные приемы и навыки труда, осваивало новую технику промышленного производства и сельского хозяйства. Благоприятно сказались и результаты сближения народов Средней Азии с передовой культурой России.