Народные восстания, происходившие в различных районах страны одновременно с тайпинским восстанием, облегчали борьбу тайпинов против правительственных войск.
Но благоприятное для тайпинов развитие военных действий было парализовано начавшейся междоусобицей в Нанкине. К этому времени глава тайпинского государства Хун Сю-нюань устранился от дел. Многие тайпинские руководители - выходцы из народа - погибли в боях. Среди оставшихся в живых сподвижников Хун Сю-цюаня не было единодушия. Против Ян Сю-цина, фактически возглавлявшего правительство и армию Тайпин тяньго и представлявшего демократические тенденции в тайпинском руководстве, выступила сильная группировка, созданная выходцем из помещиков честолюбивым Вэй Чан-хоем, стремившимся захватить руководство государством в свои руки. Не без содействия со стороны Хун Сю-цюаня, недовольного чрезмерным сосредоточением власти в руках Ян Сю-цина. Вэй Чан-хой организовал заговор, который привел в сентябре 1856 г. к убийству Ян Сю-цина и нескольких тысяч его сторонников.
Вэй Чан-хой захватил власть в Нанкине, но против него выступил видный тайпинский полководец Ши Да-кай, тоже выходец из помещиков, вначале тайный союзник Вэй Чан-хоя. Дальнейшая борьба между тайпинскими руководителями привела к убийству Вэй Чан-хоя, к установлению в Нанкине правительства Ши Да-кая и, наконец, к разрыву последнего с Хун Сю-цюанем. Ши Да-кай ушел из Нанкина в юго-западные провинции, уведя с собой главные силы тайпинской армии в надежде обосноваться в районах, где происходили в это время крестьянские восстания (Гуанси, Сычуань). Однако Ши Да-кай в этом походе не смог в достаточной мере привлечь на свою сторону крестьянство юго-западного Китая. В итоге все его планы создания новой базы потерпели крах; в 1863 г. при переправе через реку Даду в Сычуани отряд Ши Да-кая был разбит цинскими войсками, а сам он схвачен и казнен.
Внутренняя борьба крайне ослабила лагерь тайпинов. С 1857 г. военная и политическая власть в тайпинском государстве сосредоточилась в руках родственников и земляков Хун Сю-цюаня, которые в большинстве своем не были сторонниками глубоких революционных преобразований. Во внутренней политике тайпинов получили преобладание консервативные тенденции. Тайпинские руководители, имевшие титулы ванов, обогащались и все более отрывались от народа. Все это постепенно расшатывало устои тайпинского государства. Дисциплина в армии, в прошлом основанная на преданности командиров и солдат делу освобождения китайского народа, сильно упала. Воспользовавшись сложившейся обстановкой, армия маньчжурского правительства перешла в наступление против тайпинов.
Тайпины вновь были вынуждены оставить Учан. Вскоре военные действия были перенесены в восточный Хубэй, а также в Цзянси, Аньхой и Цзянсу и, наконец, непосредственно в район Нанкина. В этих боях в качестве главного руководителя тайпинской армии выдвинулся полководец Ли Сю-чэн, прошедший путь от рядового солдата до крупнейшего военачальника. Ли Сю-чэн стремился возродить народный характер тайпинской армии. Возглавив борьбу за спасение тайпинского государства, он нанес ряд серьезных поражений войскам маньчжуро-китайских феодалов. Но эта героическая борьба велась в неблагоприятных условиях, когда капиталистические державы Европы, а также США открыто выступили против тайпинов.